Se estudiaron las características fisicoquímicas, texturales y biogeoquímicas de la columna de agua y de los sedimentos intermareales y submareales, así como a la comunidad del meiobentos metazoario, con el objetivo de determinar la influencia del régimen hídrico y de las condiciones geoquímicas sobre la estructura y flujo energético de la comunidad del meiobentos en el sistema estuarino asociado al Santuario Nacional Los Manglares de Tumbes (SNLMT) (3.38oS – 3.46oS). Se analizaron las variaciones temporales y espaciales de los factores ambientales en columna de agua (temperatura, salinidad, oxígeno disuelto, niveles de pH), en columna de sedimento (granulometría, contenido de materia orgánica total, niveles de pH, potencial de óxido-reducción, fitopigmentos totales, biomoléculas totales e hidrolizables) y en agua intersticial (contenido de H2S). Durante la temporada seca, predominaron condiciones sedimentarias más reductoras y de mayor acumulación de material orgánico que durante la temporada húmeda. Además, se pudo determinar distintos ambientes sedimentarios dentro del estuario, donde el estero Zarumilla fue el lugar de mayor concentración de material orgánico en comparación a los demás esteros secundarios. La abundancia y el flujo energético del meiobentos se redujeron significativamente de la temporada seca a la húmeda, respondiendo a los efectos físicos y geoquímicos asociados al régimen hídrico y a los diferentes tipos de ambientes sedimentarios. Por otro lado, la dinámica mareal ocasionó cambios importantes en las propiedades geoquímicas de los sedimentos intermareales, en donde la ventilación e inundación periódica de los mismos, se tradujo en una rápida respuesta en las condiciones de óxido-reducción y de acidez del agua intersticial, así como en la distribución vertical del meiobentos. Finalmente, mediante la observación de los distintos periodos de estudio, se plantearon escenarios hipotéticos de respuesta del subsistema bentónico ante los posibles efectos del cambio climático.