El río Sechura sufre el problema de contaminación de sus aguas debido al incremento en el vertido de desechos sólidos provenientes de las prácticas humanas. Estos desechos finalmente desembocan en la bahía de Sechura, considerada actualmente uno de los bancos de producción más importantes de conchas de abanico a nivel de Latinoamérica, afectando así el cultivo de estas especies hidrobiológicas. De esta manera, no solo se merma la calidad de agua del río sino también genera pérdidas económicas en la producción, debido a la implementación de sistemas de depuración. El estudio tuvo como objetivo evaluar la presencia de E. coli y cuantificar el número de coliformes fecales en muestras de agua de tres puntos del rio Sechura. El análisis para E. coli se realizó mediante el método de filtración de membrana para luego usar una lámpara ultravioleta que identificó las colonias rojas como positivas. Para el recuento de coliformes fecales, se usó la Técnica de “Número Más Probable (NMP)”. Los resultados para E. Coli y coliformes fecales fueron expresados en UFC/100mL y NMP/100mL respectivamente, los valores máximos encontrados fueron de 3.7 x 102 UFC/100mL y mayor a 1600 NMP/100mL, los cuales se encuentran por encima de lo permitido según la Ley General de las Aguas. Estos datos servirían para poner en alerta a las autoridades pertinentes y a las empresas productoras de especies hidrobiológicas en la bahía, sobre el grado de contaminación del río Sechura. En conclusión, se demostró que los desmontes de basura y el desvalve de moluscos a lo largo del río Sechura fueron el factor de contaminación de las aguas.