El presente estudio constituye un acercamiento inicial al conocimiento de los niveles y patrones de distribución de la diversidad genética de las poblaciones domésticas de pato criollo (Cairina moschata) en territorio nacional. Se evaluaron 30 individuos domésticos de C. moschata de los departamentos de Piura y Lambayeque, localizados en la costa norte del Perú, empleando seis loci microsatélite polimórficos (CmAAT16, CmAAT35, APH07, APH11, APH14 y Blm10) seleccionados de estudios previos en dicha especie. El número medio de alelos por locus (A) fue de 4.5; sin embargo, el valor promedio del número efectivo de alelos (Ae) fue de 2.259. El valor promedio de heterocigosidad observada (Ho) fue de 0.361, mientras que el de heterocigosidad esperada (He) fue de 0.438. Los niveles de diferenciación genética (F ST) fueron en su mayoría bajos, con un valor promedio de 0.0089. En general, los niveles de diversidad genética hallados fueron bajos en relación a estudios previos en otras poblaciones domésticas de C. moschata. Para futuras investigaciones se recomienda incluir individuos domésticos y silvestres de otros departamentos del Perú, así como marcadores microsatélite adicionales que permitan generar una visión más amplia de los recursos genéticos de esta especie ciertamente olvidada.