La “kañiwa” (Chenopodium pallidicaule Aellen) es un grano andino muy nutritivo caracterizado por su alto contenido de proteínas y buen perfil de aminoácidos. La diversidad de esta especie viene siendo caracterizada por estudios agro-morfológicos y genómicos, los cuales no son completamente eficientes para discriminar entre las accesiones y variedades. Actualmente se utiliza la metabolómica como una herramienta adicional para la delimitación de especies. En tal sentido, en el presente trabajo se llevó a cabo el análisis metabolómico “non-targeted” de dos variedades de kañiwa (“Ramis” y “Chilliwa”) provenientes del departamento de Puno, Perú. Para el análisis se utilizó la cromatografía líquida de ultra-alta performance acoplada a la espectrometría de masas de alta resolución con analizador Orbitrap (UHPLC-HRMS). Para la identificación de los metabolitos se utilizaron los softwares MSDIAL y MSFINDER. Los perfiles químicos obtenidos fueron resumidos en una sola tabla para su análisis estadístico con el software SIMCA P. El modelo estadístico OPLS-DA permitió la clasificación de ambas variedades de kañiwa y el gráfico S-plot puso en evidencia los principales biomarcadores putativos para la discriminación de ambas variedades. El metabolito delfinidina-O-(6''-O-α-ramnopiranosil-β-glucopiranósido) fue identificado como uno de los principales biomarcadores para la kañiwa “Ramis”.