La prevalencia de Hipomineralización Incisivo Molar (HIM), varía considerablemente alrededor del mundo. Siendo Sudamérica una de las regiones con la prevalencia más alta. En Perú hay poca información disponible acerca de la prevalencia de HIM, especialmente en el área rural. El objetivo del estudio fue determinar la prevalencia y severidad de HIM en escolares que residen en el área urbana y el área rural de Puno, Perú. El diseño de estudio fue transversal. La muestra estuvo constituida por 404 niños, entre 7 y 10 años, de escuelas públicas del área urbano y rural de Puno. Un examinador calibrado, estableció el diagnóstico de HIM en base al índice que integra el criterio de la Academia Europea de Odontopediatría (EAPD) y el índice modificado de defectos del desarrollo del esmalte (mDDE index), así como la experiencia de caries en base al índice CPOD. La información fue analizada usando estadística descriptiva y bivariada. La HIM fue diagnosticada en ochenta niños (19.8%). La prevalencia de HIM fue más alta en el área urbana. Las opacidades demarcadas fueron el tipo más prevalente de lesión (52,1%), seguido de lesiones de caries atípicas (36,7%). Mientras más severas fueron las lesiones, mayor fue la extensión de las mismas. Asimismo, a mayor extensión de las lesiones en los dientes, mayor fue el número de dientes afectados por niño. Los niños con HIM tenían ligeramente mayores índices de experiencia de caries (CPOD). Sin embargo, no se halló una asociación significativa entre la experiencia de caries y la HIM. La población estudiada mostró una alta prevalencia de HIM, equivalente a otros estudios en poblaciones Sudamericanas. La prevalencia varió entre las áreas de residencia, siendo más prevalente en el área urbana. Las lesiones leves fueron más frecuentes. Los niños con HIM mostraron un ligero incremento en la experiencia de caries dental.