La diarrea, causa importante de mortalidad en menores de 5 años, está relacionada a una microbiota en disbiosis; estado que favorece el desarrollo de patógenos. La lactoferrina (LF), una proteína de la lecha materna, inhibe el crecimiento de bacterias intestinales; sin embargo, favorece el crecimiento de bacteria de efecto beneficioso. No obstante, se recientesestudios que sugieren que LF no tiene un efecto positivo en una microbiota perturbada. El principal objetivo de este trabajo es determinar y comparar, mediante metagenómica, la estructura y composición de la microbiota fecal en muestras provenientes de infantes, con y sin previa microbiota en estado alterado. Se trabajó con 30 niños con rango de edad de 12 a 18 meses, de los cuales 15 presentaron múltiples episodios de diarrea el mes previo al tratamiento y 15 ningún episodio en los 6 meses previos. Dentro de cada grupo, 8 recibieron LF como tratamiento y 7 placebo. Las muestras fecales fueron recolectadas a los 0, 2 y 4 meses después de iniciado el tratamiento. La composición microbiana fue caracterizada mediante secuenciacimento del gen 16s rRNA y análisis bioinformático en la plataforma QIIME 2. Todos los niños que recibieron LF, independientemente de haber presentado una microbiota perturbada, presentaron una mayor diversidad bacteriana a los 4 meses de haber iniciado el tratamiento (p-value 0.01, test de Kruskal Wallis). Sin embargo, no se observó una diferencia significativa en la composición bacteriana en ningún punto en el tiempo en los grupos experimentales. Se observó un aumento de la clase Clostridia en la gran mayoría de individuos a medida que pasaba el tiempo independientemente del tratamiento. La admistración de LF aumentó la diversidad bacteriana en la microbiota interstinal, independientemente de haber presentado una microbiota perturbada antes del inicio del tratamiento; siendo este un indicador positivo de salud.