El aporte económico que la fibra de la alpaca representa para los ganaderos de las zonas alto andinas del Perú es tal que se hace indispensable la incursión de herramientas genéticas que permitan aprovechar al máximo el potencial socioeconómico que estos camélidos sudamericanos simbolizan. Es por eso que la generación y caracterización de nuevos marcadores microsatélites que permitan una genotipificación y una posterior creación de bases de datos genéticos de alpacas serían de gran utilidad al posibilitar un control preciso de los cruzamientos con fines económicos específicos. Utilizando herramientas in silico se identificaron 626 microsatélites (406 trinucleótidos, 109 tetranucleótidos y 21 pentanucleótidos) dentro de 7286 secuencias ESTs (Expressed Sequence Tags) adquiridas de la base de datos de libre acceso del NCBI (Nacional Center for Biotechnology Information). Se seleccionaron 20 microsatélites según el origen de su secuencia EST y se diseñaron los primers siguiendo los criterios estándares disponibles. La amplificación por PCR se realizó en muestras de ADN de alpacas provenientes de distintas poblaciones del Perú con el fin de detectar polimorfismos. Se identificaron 4 marcadores amplificables por PCR, 3 de ellos resultaron no informativos mientras que el marcador ID541 mostró un comportamiento polimórfico según el patrón de bandas observado para diferentes individuos analizados. Se recomienda culminar la estandarización de PCR para el microsatélite ID541 y utilizar la base de datos creada para la identificación de marcadores adicionales en alpacas.