Existe una amplia evidencia de pérdida genética a nivel de las regiones subteloméricas de los cromosomas de Plasmodium falciparum. Estos dominios albergan una serie de genes involucrados en procesos de reconocimiento e interacción con eritrocitos infectados y fenotipos de virulencia, utilizados también como marcadores de diversidad genética al presentarse en diferentes formas o polimorfismos como consecuencia de la ruptura y curado de fragmentos terminales del genoma ocurridos durante la división mitótica de los estadios eritrocíticos del parásito. Dos genes ubicados en los cromosomas 8 y 13, pfhrp2 y pfhrp3, cuyas proteínas son el blanco de detección en Pruebas de Diagnóstico Rápido (PDR) en la amazonía Peruana para el control de la malaria, suelen perderse por mutaciones espontáneas al ubicarse en estos dominios. El crecimiento in vitro de 6 aislados peruanos adaptados a cultivo no fue suficiente para evidenciar la pérdida de estos genes en ausencia de fuerzas de selección; sin embargo, no se descarta que sucedan en periodos más prolongados.