La presente invención se refiere a un método de criopreservación de células madre espermatogoniales proliferadas y no proliferadas correspondiente a la especie Vicugna pacos mediante un proceso termocontrolado. La invención consiste en colocar células madre espermatogoniales (SSC) en un medio de criopreservación, y hacerlo pasar por un proceso termocontrolado de 4 °C a -7 °C a una tasa de 2 °C/min, luego mantener esta temperatura durante 11 minutos, y a continuación seguir congelando hasta -30 °C a una tasa de 0.3 °C/min, y por último llevar a la muestra a -84 °C a una tasa de 6 °C/min; el proceso de criopreservación sigue colocando la muestra en vapor de nitrógeno líquido por 12 horas, y finalmente sumergir en nitrógeno líquido. En cuanto a nuestro método, se logró obtener con azul de tripán una vitalidad promedio de 76.12 % en las células espermatogoniales posdescongelamiento, en cuyo grupo de muestras se observó el máximo valor de vitalidad de 100%. Que al ser evaluadas bajo citometría de flujo se observó que luego del descongelamiento las células presentaron un alto potencial de membrana mitocondrial con un promedio de 70.78 ± 3.04 % en muestras criopreservadas no proliferadas y de 77.14 ± 2.91% en muestras proliferadas-criopreservadas lo cual hace nuestro protocolo de criopreservación exitoso