La caries dental es una enfermedad de etiología bacteriana, la cual consiste en la destrucción de los tejidos dentales debido a la presencia de ácidos producidos por las bacterias orales tales como Streptococcus mutan. El propóleo, es producido por Apis mellífera (abejas), es un componente conocido por su acción bactericida, actualmente se conocen hasta 200 compuestos diferentes identificados los cuales tienen relación con el medio ambiente. En el Perú, se ha estudiado el propóleo en diferentes regiones donde existen apicultores y en el trabajo del Dr. Pablo Millones, encontró que la fracción metanólica del propóleo de la región de Oxapampa departamento de Pasco, tuvo una excelente actividad antibacteriana frente las bacterias ATCC de Streptococcus gordonii y Fusobacterium nucleatum. Por lo que el objetivo del presente estudio fue determinar el efecto inhibitorio de la fracción metanólica del propóleo de Oxapampa en diferentes genotipos aislados de Streptococcus mutans de niños con problemas de caries. La fracción metanólica del propóleo de Oxapampa fue obtenida por cortesía del doctor Pablo Millones Gómez. Se recolectaron 150 muestras de hisopado oral de niños diagnosticados con caries, los cuales fueron sembradas e identificadas por pruebas bioquímicas de fermentación de carbohidratos, seguidas por PCR convencional, utilizando los primers específicos para confirmar la especie y determinar el genotipo de cada una de ella. En cada una de las pruebas se utilizó como control positivo a Streptococcus mutans ATCC 25175. Después de la identificación se procedió a enfrentar las cepas de S. mutans y el control de la ATCC 25175 a la fracción metanólica por el método de difusión en disco en el medio de cultivo BHA, para determinar la susceptibilidad de las bacterias aisladas y cepa control a la fracción metanólica. Los datos obtenidos (medida de los halos de inhibición) fueron procesados utilizando el método estadístico T - student. Teniendo como resultado la medida de los halos de inhibición en milímetros frente a la fracción metanólica (9 a 24 mm) enfrentados a S. mutans mostraron mayor diámetro en relación a los enfrentados con la cepa ATCC 25175 (10 a 10.5 mm) además, la fracción metanólica responde de manera similar sin diferencia significativa frente a la clorhexidina p = 0.85 a diferencia de Streptococcus mutans ATCC 25175 y las muestras de niños diagnosticados con caries, muestran diferencias significativas tanto para clorhexidina como para la fracción metanólica del propóleo p = 0.005, a su vez en la genotipificación se encontró que el 100% pertenecía al genotipo C, el 21.58% al genotipo E y el 14.39% al genotipo F y no se encontró el genotipo K y entre ellos se observaron genotipos múltiples C, E con un 21.73% y C, F con un 14.49%. Se concluye que la fracción metanólica del propóleo presenta actividad inhibitoria en las 138 cepas aisladas y genotipificadas en niños diagnosticados con caries.Dental caries is a bacterial etiology disease, which consists of the destruction of dental tissues due to the presence of acids produced by oral bacteria such as Streptococcus mutans. Propolis, produced by Apis mellifera (bee), is a component known for its bactericidal action, and up to 200 different identified compounds which are related to the environment. In Peru, propolis has been studied in different regions where there are beekeepers and in the work of Dr. Pablo Millones, he found that the methanolic fraction of propolis from the Oxapampa region, department of Pasco, had excellent antibacterial activity against ATCC bacteria. of Streptococcus gordonii and Fusobacterium nucleatum. Therefore, the objective of this study was to determine the inhibitory effect of the methanolic fraction of Oxapampa propolis on different genotypes of Streptococcus mutans isolated from children with caries problems. The methanolic fraction of Oxapampa propolis was obtained courtesy of Dr. Pablo Millones Gómez. 150 oral swab samples were collected from children diagnosed with caries, they were seeded and identified by biochemical tests of carbohydrate fermentation, followed by conventional PCR, using specific primers to confirm the species and determine the genotype of each one of them. In each of the tests, Streptococcus mutans ATCC 25175 was used as a positive control. After identification, the strains of S. mutans and the ATCC 25175 control were compared to the metabolic fraction by the disk diffusion method in trypticase soy agar, to determine the susceptibility of isolated bacteria and control strain to the metabolic fraction. The data obtained (measurement of the zone of inhibition) were processed using the T-student statistical method. Having as a result the measurement of the zone of inhibition in millimeters against the metabolic fraction (9 to 24 mm) faced with S. mutans showed a greater diameter in relation to those faced with the ATCC 25175 strain (10 to 10.5 mm). In addition, the methanolic fraction responds similarly without significant difference against chlorhexidine p = 0.85, although Streptococcus mutans ATCC 25175 and samples from children diagnosed with caries, show significant differences both for chlorhexidine and for the methanolic fraction of propolis p = 0.005. Meanwhile, in the genotyping it was found that 100% belonged to genotype C, 21.58% to genotype E and 14.39% to genotype F and genotype K was not found and among them multiple genotypes C, E were observed with 21.73% and C, F with 14.49%. It is concluded that the methanolic fraction of propolis presents inhibitory activity in the isolated and genotyped strains in 138 children diagnosed with caries.