Se ha caracterizado sensorialmente cinco accesiones de ajíes nativos (Ayucllo, Tomatito rojo, Charapita, Miscucho y Dulce rojo cultivados en las localidades de Huaral, Chiclayo y Chincha) con un panel de cata entrenado utilizando 6 descriptores del aroma y 4 descriptores del sabor. Con la data sensorial, se desarrolló un modelo estadístico sensorial que ha permitido clasificar y discriminar a las accesiones de los ajíes nativos. Por otro lado, se determinó el perfil metabolómico de las cinco accesiones de ajíes nativos utilizando técnicas cromatográficas de alto rendimiento (UHPLC-HRMS Orbitrap y GC-MS). También, en base a los perfiles metabolómicos y mediante herramientas estadísticas de análisis multivariado y uso de software especializados, se ha desarrollado un modelo estadístico de huella metabólica que ha permitido la identificación de los biomarcadores putativos que permiten discriminar las accesiones y las especies de genotipos de Capsicum. Utilizando estos resultados se aplicó un novedoso enfoque de análisis multivariado multibloque que ha permitido vincular los metabolitos del sabor (metabolitos no volátiles) y metabolitos del olor (metabolitos volátiles) con los scores del sabor y aroma dados por el panel de cata. De esta manera se han identificado los descriptores químicos o metabolitos que permiten explicar el sabor y aroma de los ajíes nativos.Five accessions of native peppers (Ayucllo, Tomatito rojo, Charapita, Miscucho and Dulce rojo cultivated in the towns of Huaral, Chiclayo and Chincha) have been sensory characterized with a trained tasting panel using 6 aroma descriptors and 4 flavor descriptors. With the sensory data, a sensory statistical model was developed that has allowed classifying and discriminating the accessions of native peppers. On the other hand, the metabolomic profile of the five accessions of native peppers was determined using high performance chromatographic techniques (UHPLCHRMS Orbitrap and GC-MS). Also, based on metabolomic profiles and through statistical tools of multivariate analysis and use of specialized software, a statistical model of metabolic footprint has been developed that has allowed the identification of putative biomarkers that allow discriminating accessions and genotype species of Capsicum. Using these results, a novel multivariate multiblock analysis approach was applied that allowed us to link taste metabolites (non-volatile metabolites) and odor metabolites (volatile metabolites) with taste and aroma scores given by the tasting panel. In this way, chemical descriptors or metabolites have been identified that explain the taste and aroma of native peppers.