Objetivo: Determinar la actividad antibacteriana In vitro del extracto etanólico de Origanum vulgare (orégano), Tagetes elliptica (chincho) y del Tagetes minuta (huacatay) comparado con Clorhexidina al 0.12% y Colgate Plax frente a cepas de Lactobacillus acidophilus ATCC 43121 y Porphyromonas gingivalis ATCC 33277. Material y métodos: Se evaluó la actividad antimicrobiana mediante el método de Difusión de Agar, Mínima Concentración Inhibitoria y Técnica Pour Plate (Técnica de Pozos). El diseño del estudio fue de tipo experimental in vitro de corte transversal. El análisis estadístico univariado y bivariado se hizo en el programa SPSS 17.0. Resultados: Se determinó que la actividad antibacteriana de las sustancias experimentales para la cepa Lactobacillus acidophilus ATCC 43121 fue: el extracto etanólico del orégano al 100% tuvo un promedio en los halos de inhibición de 18.43 ± 3.96 mm, el extracto etanólico del chincho al 100% de 20.5 ± 2.99 mm, clorhexidina al 0.12% de 21.3 ± 0.38 m y Colgate Plax 14.93 ± 0.84 mm. Frente a la cepa Porphyromonas Gingivalis ATCC 33277 : el extracto etanólico del chincho 100% tuvo un promedio en los halos de inhibición de 25.86 ± 1.18 mm, el extracto etanólico del huacatay 100% de 24.49 ± 3.21 mm, con clorhexidina al 0.12% de 19.59 ± 0.48 mm y con Colgate Plax 14.29 ± 0.3 mm. La MIC del extracto etanólico del chincho frente a la cepa Lactobacillus acidophilus ATCC fue de 125 mg/mL, encontrando la medida de los halos de inhibición de 10.33 mm. Conclusiones: Existe actividad antibacteriana In vitro del extracto etanólico de Origanum vulgare (orégano), Tagetes elliptica (chincho) comparado Clorhexidina al 0.12% y Colgate Plax frente a cepas de Lactobacillus acidophilus ATCC 43121 y Porphyromonas gingivalis ATCC 33277; asimismo el Tagetes minuta (huacatay) tiene efectividad con esta última cepa bacteriana.