El propósito de este estudio in vitro fue comparar la microfiltración marginal y la profundidad de penetración entre dos selladores de fosas y fisuras a base de cemento de ionómero de vidrio y un sellador polimérico con y sin ameloplastía. Se estudiaron 60 premolares humanas que se subdividieron en 6 grupos de 10 muestras cada uno según el tipo de material KetacTM Molar Easymix, Ionofil® Molar y Helioseal® F con y sin ameloplastía. Las muestras fueron termocicladas, sumergidas en azul de metileno al 0.5% y seccionadas para observarlas con esteromicroscopio. Se utilizó la prueba exacta de Fisher para comparar las muestras. El 100% de KetacTM Molar Easymix sin ameloplastía presentó microfiltración marginal grado 0 (p=0.001), obteniendo mejores resultados que los materiales Ionofil® Molar y Helioseal® F. La microfiltración marginal de los materiales en los grupos con ameloplastía presentaron resultados similares (p> 0.05). El tipo de preparación mecánica no influye en la profundidad de penetración de los selladores de fosas y fisuras.