Se estima que la mitad de la población mundial es portadora de Helicobacter pylori, una bacteria Gram-negativa que coloniza la mucosa gástrica, provoca gastritis crónica, úlcera y está relacionado con el desarrollo de cáncer de estómago. Uno de los problemas más importantes con el tratamiento de la gastritis es la alta tasa de resistencia de H. pylori a los antibióticos. Por lo tanto, existe la necesidad urgente de buscar nuevos compuestos que controlen la infección por H. pylori. En este estudio se realizó el fraccionamiento biodirigido de la planta medicinal peruana Peperomia nivalis Miq. (Piperaceae), que muestra interesante actividad antibacteriana contra H. pylori. Se evaluó in vitro, la concentración que inhibe a 50% de los agentes infecciosos (IC50), la concentración mínima inhibitoria (MIC) y la concentración mínima bactericida (MBC) para cada fracción y el compuesto obtenido a partir de los extractos de P. nivalis. La identificación de los compuestos se realizó mediante métodos espectroscópicos tales como 1H-RMN, 13C-RMN, HSQC, COSY, HMBC, NOESY y espectrometría de masas. Se aislaron por primera vez dos compuestos naturales activos a partir de una planta del género Peperomia: carota-5-hidroxi, 8,9 dien, cetona (1) y 5,7- metoxi-6-(3-metilbut-2-enil)isobenzofuran-1(3H)-ona (2). Además se identificó un compuesto que ya fue descrito en la literatura: metanol-7-metoxi-2,2-dimetil-2H-1-croman-6-carboxílico (3). El compuesto (1) que tiene un núcleo carotano en su estructura, fue el más activo de los tres compuestos probados contra H. pylori, con un IC50 de 160.4 µg/mL, MIC y MBC de 500 µg/mL. El compuesto (2), que es una lactona sesquiterpénica, muestra un IC50 de 355 µg/mL, MIC y MBC mayor a 1000 µg/mL. El compuesto (3) no mostró actividad contra H. pylori. Las actividades de los dos compuestos (1 y 2) de P. nivalis validan el uso etnofarmacológico de esta planta para el tratamiento contra la infección gástrica a causa de H. pylori. Las actividades de los dos compuestos (1 y 2) de P. nivalis validan el uso etnofarmacológico de esta planta para el tratamiento contra la infección gástrica a causa de H. pylori.