Antecedente: La resistencia a antibióticos es un problema mundial importante, siendo los niños los más afectados. El objetivo de este estudio fue determinar la resistencia a los antibióticos en cepas comensales aisladas de muestras de heces de niños sanos que viven en comunidades rurales de la Selva y los Andes peruanos. Métodos: Estudio de cohortes de 93 niños sanos menores de 14 meses de Moyobamba (52 niños) y Urubamba (41 niños) seguidos durante 6 meses. Se obtuvo un subgrupo de cepas de E. coli comensales a partir de muestras de heces recogidas al inicio y cada 3 meses. La resistencia a los antibióticos se determinó usando el método de difusión de disco para antibióticos comunes. Resultados: Ambas comunidades mostraron patrones similares de resistencia a los antibióticos. Se analizaron un total de 179 cepas de E. coli; los mayores índices de resistencia fueron para cotrimoxazol (49.1%), ampicilina (48%), ácido nalidíxico (31.8%) y azitromicina (15.6%). Durante los 6 meses de observación, se encontró un aumento en la resistencia del 11.6% para el ácido nalidíxico y del 6.4% para el cotrimoxazol. En general, el 34% de las muestras fueron resistentes a múltiples fármacos; ninguna cepa tenía betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Conclusiones: Este estudio respalda hallazgos previos de resistencia a múltiples fármacos en cepas comensales en comunidades rurales, y destaca el aumento en las tasas de resistencia en un corto periodo de tiempo en los lactantes. Recomendamos más estudios de cohortes en poblaciones más grandes, con un seguimiento más prolongado para confirmar estos hallazgos importantes.