El Perú es el principal productor y exportador de harina de pescado a nivel mundial, siendo la anchoveta (Engraulis ringens) la única especie permitida para su producción de acuerdo a la normativa legal peruana. Sin embargo, esta puede alterarse debido a la contaminación con otras especies acuáticas y terrestres, afectando su calidad, perjudicando la salud y nutrición de los animales. En la actualidad existe la necesidad de desarrollar un método molecular rápido, de alta sensibilidad y especificidad, para detectar dicha contaminación. Por lo que el presente estudio tiene por objetivo validar la prueba de qPCR para detectar la contaminación exógena o adulteración de harina de pescado con cinco especies acuáticas, ayanque (Cynoscion analis), bonito (Sarda chiliensis), caballa (Scomber japonicus), jurel (Trachurus picturatus) y merluza (Merluccius gayi); y dos especies terrestres, ave (Gallus gallus domesticus) y bovino (Bos taurus). Para ello se elaboraron harinas de todas las especies en el Laboratorio de Biología Molecular (FAVEZ – UPCH); y se realizó un proceso de contaminación individual de la harina de anchoveta con cada especie mencionada al 1%, 0.5%, 0.1%, 0.05% y 0.01% y una contaminación múltiple con todas las especies al 0.1%. Se utilizaron los protocolos de qPCR establecidos por Huamancha (2017), modificando en algunos casos la concentración de primers. La concentración mínima detectada de ayanque, bonito, caballa, jurel, merluza y ave fue 0.01%; mientras que para bovino fue 0.05%. La aplicación de esta técnica sirve como una herramienta para la rápida detección de la contaminación de harinas, y podría utilizarse para el monitoreo y control por parte de las autoridades competentes, además de servir como un sistema de certificación para las harinas comerciales producidas por las empresas harineras del país.