Ehrlichia canis es considerado el agente causal más importante de la Ehrlichiosis monocítica canina (EMC), esta enfermedad, cuyos signos clínicos son inespecíficos en los caninos , puede confundirse con diversas enfermedades y debido a las limitaciones de las pruebas diagnósticas disponibles en nuestro país, existe un problema diagnóstico y así podrían estar brindándose tratamientos inadecuados. El objetivo del presente estudio fue establecer la frecuencia de detección de E.canis en muestras de sangre canina sospechosas de EMC (anemia, leucopenia y trombocitopenia) al hemograma y negativas al frotis sanguíneo en el período Agosto – Octubre 2016, mediante el uso de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) como una herramienta de detección precisa y sensible a diferencia de las utilizadas las utilizadas actualmente en el área clínico veterinario del país. Para este fin se tomaron 30 muestras de sangre canina, las cuales fueron analizadas por PCR para detectar Ehrlichia spp. y Ehrlichia canis. De las muestras evaluadas el 43,3% (13/30) fueron positivas a Ehrlichia spp., y el 36.7 % (11/30) fueron positivas a E.canis. Se logró detectar muestras PCR positivas a E. canis sólo con hemograma sugerente de la enfermedad, encontrándose una frecuencia del 36.7% de muestras positivas a E.canis. Existe un 6.6 % de muestras negativas a E.canis pero que fueron positivas a Ehrlichia spp., lo que indicaría que existe una posible infección de perros con otra especie distinta a E.canis que no está siendo detectada.