Los granos de cacao (Theobroma cacao L.) son la materia prima principal para la producción de chocolate. La fermentación de los granos de cacao es un proceso post cosecha esencial para el desarrollo de precursores del sabor del chocolate la cual viene dada por su genotipo. Perú posee una alta diversidad de genotipos del árbol de cacao . Entre ellas tenemos La variedad de cacao “Chuncho” la cual posee una superioridad en calidad organoléptica. En este trabajo se reporta el estudio microbiológico del proceso de la fermentación del cacao “Chuncho” del Cusco del cultivar “Cáscara de Huevo”. Las levaduras identificadas durante el proceso de la fermentación fueron: Saccharomyces cerevisiae, Kloeckera apiculata (Hanseniaspora uvarum), Candida utilis, Candida tropicalis y Candida boidinii. Esta última no ha sido reportada en estudios de procesos de fermentación del cacao. Entre las bacteria ácido lácticas se aisló e identificó a Leuconostoc mesenteroides ssp, Lactobacillus plantarum y Lactobacillus brevis. En cuanto a las bacterias ácido acéticas se determinó que pertenecían a los géneros Acetobacter y Gluconobacter.