Introducción: La tuberculosis es una enfermedad endémica responsable de alrededor de 1.5 millones de muertes cada año. Desarrollar dicha enfermedad depende de factores exógenos que determinan la progresión de exposición a infección, y endógenos que juegan el principal rol entre la infección y la enfermedad activa. La evolución clínica depende además de otros factores, como la carga bacilar en el esputo y su variación con el tratamiento, que guarda relación hasta con la letalidad. Objetivo: Determinar si la baciloscopía al inicio del tratamiento anti-tuberculoso es un factor pronóstico de la condición de egreso en pacientes con tuberculosis pulmonar. Material y métodos: Estudio de cohorte retrospectivo a partir del análisis secundario de la base de datos del estudio “Evaluación del tratamiento del programa de control de tuberculosis en un hospital de III nivel en Lima - Perú del año 1972 al 2012”. Tras los criterios de selección se obtuvo una población de 1635 pacientes. Resultados: Del total, el 24.16% presentó baciloscopía negativa, y el 75.84% baciloscopía positiva al inicio del tratamiento, dentro del cual se encontró que la carga bacilar al inicio del tratamiento fue 1+ en el 50.96%, 2+ en el 27.17%, y 3+ en el 21.85% restante. Se encontró diferencia estadísticamente significativa entre la presencia de baciloscopía de inicio positiva y negativa en pacientes curados (p=0.0029). Así también, se encontró diferencia estadísticamente significativa entre los pacientes curados que presentaron alta carga bacilar (3+) y los que presentaron 1+ y 2+ (1+ vs 2+ p= 0.0057; 2+ vs 3+ p= 0.0062). Conclusiones: La presencia de baciloscopía negativa al inicio del tratamiento antituberculoso está asociada a una mayor probabilidad de curación. La baciloscopía al inicio del tratamiento es un factor pronóstico de la condición de egreso.