Introducción: Las vacunas antineumocócicas (PCV) han producido no solo cambios en las dinámicas de serotipos de Streptococcus pneumoniae (Spn), sino también en el incremento en la frecuencia de infecciones por Staphylococcus aureus (Sa). Considerando que ambas bacterias son usuales colonizadores de la nasofaringe en niños jóvenes, la PCV podría afectar la co-existencia de ambas bacterias. El objetivo de este estudio fue determinar si existe asociación entre la PCV13 y la colonización por Spn, por Sa y co-colonización (Spn + Sa) en niños sanos <24 meses de edad de cinco hospitales nacionales de Lima, Perú entre los años 2018 y 2019. Métodos: Estudio secundario, transversal, multicéntrico. Se analizaron los datos demográficos y clínicos de 894 niños <24 meses de edad. Los cálculos de frecuencia, comparaciones y de asociaciones se realizaron a través de pruebas paramétricas, no paramétricas y regresión multinomial para estimar RP, considerando un p<0,05 como significativo. Resultados: De los niños participantes, 17,4% estuvieron colonizados solo por Spn, 16,8% solo por Sa y 2,9% estuvieron co-colonizados. El 89,4% habían recibido al menos una dosis de la PCV13. La colonización solo por Spn se asociaron a síntoma respiratorio (RPa: 1,95; p=0.001), vivir con otros niños (RPa: 1,99; p=0.001), hospitalización previa (RPa: 0,29; p=0.048) y haber recibido al menos una dosis de la PCV13 (RPa: 3,00; p=0.022). La colonización solo por Sa se asocia a completar lactancia materna exclusiva (RPa: 0,59; p=0.028) y haber recibido al menos una dosis de la PCV13 (RPa: 0,48; p=0.017). Adicionalmente, la co-colonización no se asoció a la inmunización con la PCV13 (RPa: 1,71; p=0.521) y los niños del género masculino se asociación con mayor frecuencia de co-colonización (RPa: 2,50; p=0.049). Conclusión: La inmunización con la PCV13 se asocia positivamente a la colonización solo por Spn, negativamente a la colonización solo por Sa y no se asocia a la co-colonización por ambos patógenos.Introduction: The pneumococcal conjugate vaccines (PCV) have not only generated changes in the dynamics of serotypes of Streptococcus pneumoniae (Spa), also an increase in the Sthaphylococcus aureus (Sa) frequency. Considering that these bacteria commonly colonize the nasopharynx in young children, PCV could potentially impact the co-existence of these pathogens. The aim of this study was to determine the association between the PCV13 and the colonization by Spn, Sa and co-colonization (Spa + Sa) in healthy children under two years old from five national hospitals. in Lima, Peru between 2018 and 2019. Methods: A multicenter cross-sectional study, that developed a secondary data analysis using demographic, clinical data from 894 children under two years old. The analysis of associated factors was carried out using parametric and non-parametric tests, and multinomial regression to estimated PR, statistical significance level was set at p<0.05. Results: 17.4% were only Spa carriers, 16.8% were only Sa carriers, and 2.9% were cocolonized Spa + Sa. 89.4% were immunized with at least one dose of PCV13. In only Spn carriers, they were associated with mild respiratory illness (RPa: 1.95; p=0.001), living with other children (RPa: 1.99; p=0.001), prior hospitalization (RPa: 0.29; p=0.048) and have received at least one dose of PCV13 (RPa: 3.00; p=0.022). In only Sa carriers, they were associated with completing exclusive breastfeeding (RPa: 0.59; p=0.028) and have received at least one dose of PCV13 (RPa: 0.48; p=0.017). Additionally, co-colonization was not associated with PCV13 immunization (RPa: 1,71; p=0.521) and male children were associated with co-colonization (RPa: 2.50; p=0.049). Conclusion: Immunization with PCV13 was positively associated with colonization by Spn, negatively with colonization by Sa and not associated with co-colonization by both pathogens.