The genus Thomasomys, a key genus within the Thomasomyini tribe of the Sigmodontinae subfamily, is a focal point for understanding the phylogeny, biogeography, and ecological adaptation of Andean rodents. As the most diverse genus within the Sigmodontinae, Thomasomys includes 51 valid species and numerous undescribed ones, predominantly inhabiting Neotropical montane forests and paramos. Its distribution, however, excludes regions like the Guiana Shield, lowland tropical forests, deserts, and oceanic islands. Conflictive findings between early molecular phylogenetic analyses and morphological studies highlight the necessity for an integrated approach encompassing genetic, molecular, and morphological research. This research delves into Thomasomys complex taxonomic background, phylogenetic relationships, species diversity, and morphological adaptations, shedding light on its evolutionary history and ecological adaptations in the challenging Andean habitats. The research encompasses three chapters. Chapter 1 reveals an underestimated species diversity, confirming the monophyly of the genus. The analyses identified ten major clades, demonstrating a complex phylogenetic structure with paraphyletic or polyphyletic relationships among species and challenging the monophyly of some species groups such as Cinereus, Aureus, Gracilis, and Incanus. Unilocus species delimitation methods indicated a higher number of putative species compared to the current taxonomy. It also emphasizes the biogeographical importance of the Marañón area as a geographical barrier influencing species distribution and speciation within Thomasomys. Chapter 2 explores the turbinal bone adaptations in Thomasomys species. It suggests that these adaptations are closely tied to elevation and environmental challenges, with a significant positive allometric relationship observed between turbinal surface areas and skull length. Chapter 3 introduces a new genus distinct from Thomasomys and describes three new species endemics to the central Peruvian Yungas. This discovery challenges the traditional taxonomic composition of the Thomasomyini tribe, the morphological delimitation of the genera that comprise it, and puts into debate the phylogenetic position of Rhagomys. Together, these chapters shed light on the complex evolutionary history and ecological adaptations of the Thomasomys genus, emphasizing the need for integrative research approaches to fully understand the complexities of Andean rodent biodiversity and adaptation.El género Thomasomys, un género clave en de la tribu Thomasomyini de la subfamilia Sigmodontinae, es un punto focal para entender la filogenia, biogeografía y adaptación ecológica de los roedores andinos. Siendo el género más diverso de los Sigmodontinae, Thomasomys incluye 51 especies válidas y numerosas no descritas, habitando predominantemente en bosques montanos neotropicales y páramos. Sin embargo, su distribución excluye regiones como el Escudo Guayanés, bosques tropicales de tierras bajas, desiertos e islas oceánicas. Los resultados contradictorios entre análisis filogenéticos moleculares tempranos y estudios morfológicos resaltan la necesidad de un enfoque integral que abarque investigación genética, molecular y morfológica. Esta investigación profundiza en el complejo trasfondo taxonómico de Thomasomys, sus relaciones filogenéticas, diversidad de especies y adaptaciones morfológicas, aclarando su historia evolutiva y adaptaciones ecológicas en los desafiantes hábitats andinos. La investigación abarca tres capítulos. El Capítulo 1 revela una subestimada diversidad de especies, confirmando la monofilia del género. Los análisis identificaron diez clados principales, demostrando una estructura filogenética compleja con relaciones parafiléticas o polifiléticas entre especies y desafiando la monofilia de algunos grupos de especies como Cinereus, Aureus, Gracilis e Incanus. Métodos de delimitación de especies unilocus indicaron un número mayor de especies putativas comparado con la taxonomía actual. También enfatiza la importancia biogeográfica del área del Marañón como una barrera geográfica que influye en la distribución de especies y especiación dentro de Thomasomys. El Capítulo 2 explora las adaptaciones de los huesos turbinales en las especies de Thomasomys. Se sugiere que estas adaptaciones están estrechamente vinculadas a la elevación y los desafíos ambientales, con una relación alométrica positiva significativa observada entre las áreas de superficie turbinal y la longitud del cráneo. El Capítulo 3 introduce un nuevo género distinto de Thomasomys y describe tres nuevas especies endémicas de las Yungas peruanas centrales. Este descubrimiento desafía la composición taxonómica tradicional de la tribu Thomasomyini, la delimitación morfológica de los géneros que la componen y pone en debate la posición filogenética de Rhagomys. Juntos, estos capítulos permiten entender la compleja historia evolutiva y adaptaciones ecológicas del género Thomasomys, enfatizando la necesidad de enfoques de investigación integrativos para comprender completamente las complejidades de la biodiversidad y adaptación de los roedores andinos.Le genre Thomasomys, un genre clé au sein de la tribu des Thomasomyini de la sous-famille des Sigmodontinae, est un point focal pour comprendre la phylogénie, la biogéographie et l'adaptation écologique des rongeurs andins. En tant que genre le plus diversifié au sein des Sigmodontinae, Thomasomys comprend 51 espèces valides et de nombreuses autres non décrites, habitant principalement les forêts montagnardes néotropicales et les páramos. Sa distribution exclut cependant des régions comme le Bouclier guyanais, les forêts tropicales de basse altitude, les déserts et les îles océaniques. Les résultats contradictoires entre les analyses phylogénétiques moléculaires précoces et les études morphologiques soulignent la nécessité d'une approche intégrée englobant la recherche génétique, moléculaire et morphologique. Cette recherche se penche sur l'arrière-plan taxonomique complexe, les relations phylogénétiques, la diversité des espèces et les adaptations morphologiques de Thomasomys, mettant en lumière son histoire évolutive et ses adaptations écologiques dans les habitats andins exigeants. La recherche comprend trois chapitres. Le Chapitre 1 révèle une diversité d'espèces sous-estimée, confirmant la monophylie du genre. Les analyses ont identifié dix grands clades, démontrant une structure phylogénétique complexe avec des relations paraphylétiques ou polyphylétiques parmi les espèces et remettant en question la monophylie de certains groupes d'espèces tels que Cinereus, Aureus, Gracilis et Incanus. Les méthodes de délimitation d'espèces unilocus ont indiqué un nombre plus élevé d'espèces putatives par rapport à la taxonomie actuelle. Elles soulignent également l'importance biogéographique de la zone du Marañón comme barrière géographique influençant la distribution des espèces et la spéciation au sein de Thomasomys. Le Chapitre 2 explore les adaptations des os turbinaux chez les espèces de Thomasomys. Il suggère que ces adaptations sont étroitement liées à l'élévation et aux défis environnementaux, avec une relation allométrique positive significative observée entre les surfaces des os turbinaux et la longueur du crâne. Le Chapitre 3 introduit un nouveau genre distinct de Thomasomys et décrit trois nouvelles espèces endémiques aux Yungas péruviennes centrales. Cette découverte remet en question la composition taxonomique traditionnelle de la tribu des Thomasomyini, la délimitation morphologique des genres qui la composent et met en débat la position phylogénétique de Rhagomys. Ensemble, ces chapitres mettent en lumière l'histoire évolutive complexe et les adaptations écologiques du genre Thomasomys, soulignant la nécessité d'approches de recherche intégratives pour comprendre pleinement les complexités de la biodiversité et de l'adaptation des rongeurs andins.