En especies de alta producción como la tilapia y trucha, la presencia de enfermedades infecciosas puede impactar significativamente la acuicultura. La escasez de datos sobre frecuencias de patógenos en los lugares de crianza crea un vacío de información que podría limitar respuestas oportunas ante futuros brotes. El objetivo del estudio fue determinar la frecuencia de agentes bacterianos y virales en trucha, tilapia y paiche cultivados, a partir de informes de un laboratorio privado de Piura, durante el periodo 2020-2023. Se registraron datos de los informes de muestras procesadas (especie, estadio, procedencia, estacionalidad, tipo de notificación) y el resultado de diagnóstico (agente etiológico). En total se realizaron 1348 pruebas moleculares, de las cuales 80 resultaron positivas. De estas, el 58.8% (47/80) correspondieron a etiología bacteriana y el 41.3% (33/80) a etiología viral. En tilapia el virus TiLV presentó una frecuencia de positividad del 6.9% (33/479), mientras que A. hydrophila mostró un 6.3% (9/143). En el caso de la trucha, la frecuencia de positividad fue del 36.8% (21/57) para F. psychrophilum y del 19.3% (11/57) para Y. ruckeri. Por otro lado, en paiche, A. hydrophila tuvo una frecuencia de positividad del 60% (6/10). Las mayores frecuencias de positividad para TiLV y Y. ruckeri se registraron en 2023, mientras que para F. psychrophilum fue en 2020. Este estudio muestra evidencia de agentes de notificación obligatoria (TiLV) y agentes no listados que circularon en el país, remarcando la necesidad de continuar implementando medidas de prevención y control para estos agentes infecciosos.In high-production species such as tilapia and trout, the presence of infectious diseases can significantly impact aquaculture. The scarcity of data on pathogen frequencies in farming areas of creates an information gap that would limit timely responses to future outbreaks. The aim of the study was to determine the frequency of bacterial and viral agents in farmed trout, tilapia, and paiche, based on reports from a private laboratory in Piura, during the period 2020-2023. Data were recorded from sample processing reports (species, stage, origin, seasonality, type of notification) and diagnostic results (etiological agent). A total of 1,348 molecular tests were conducted, of which 80 were positive. Of these, 58.8% (47/80) corresponded to bacterial etiology, and 41.3% (33/80) to viral etiology. In tilapia, the TiLV virus showed a positivity rate of 6.9% (33/479), while Aeromonas hydrophila showed 6.3% (9/143). In trout, the positivity rate was 36.8% (21/57) for Flavobacterium psychrophilum and 19.3% (11/57) for Yersinia ruckeri. In paiche, A. hydrophila had a positivity rate of 60% (6/10). The highest positivity rates for TiLV and Y. ruckeri were recorded in 2023, while for F. psychrophilum, it was in 2020. This study provides evidence of the circulation of both notifiable agents (TiLV) and unlisted agents in the country during the analyzed period, emphasizing the need to continue implementing effective prevention and control measures for these infectious agents.