Antecedentes: Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA) contiene el gen mecA en el elemento genético móvil SCCmec, que le confiere resistencia a antibióticos β-lactámicos. En Latinoamérica, el clon USA300 (CC8-SCCmecIVa-t008) está siendo reemplazado por el clon Río de Janeiro “Rdj” (CC5-ST105-IIa-t002), lo que representa una amenaza debido a la versatilidad de sus factores de virulencia. Este fenómeno requiere un análisis detallado para comprender su impacto y evolución en la región. Objetivo: Caracterizar genómicamente las secuencias públicas de MRSA en Latinoamérica en el periodo del 2000-2024. Material y métodos: Se realizó un estudio observacional transversal utilizando 994 secuencias MRSA de 13 países latinoamericanos, obtenidas de la base de datos del NCBI. Los genomas en formato FASTA fueron sometidos a un análisis bioinformático que incluyó de un control de calidad, identificación SCCmec, secuenciotipos (STs), factores de virulencia, genes y mutaciones asociadas a resistencia. Además, se realizó un análisis filogenético para determinar la agrupación de filogrupos. Resultados: El genotipo CC5-SCCmecIIa-ST105-t002-lukD/E-PV+ predominó en un 18% en países como Brasil y Chile, seguido de CC30-SCCmec-IVc-t019-lukF/S-PV+ con 8.6% en Argentina. El 75% de los genomas presentaron el elemento genético COMER y más del 90% contenían genes codificadores de la toxina PVL. Conclusiones: Nuestro estudio reveló el predominio del clon CC5-ST105-IIa-t002 (Rdj) en países de Latinoamérica, con un 21.3%.Background: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) possesses the mecA gene in the SCCmec mobile genetic element, which confers resistance to various β-lactam antibiotics. In Latin America, the USA300 clone (CC8-SCCmecIVa-t008) is being replaced by the Rio de Janeiro “Rdj” clone (CC5-ST105-IIa-t002), which represents a threat due to the versatility of its virulence factors. However, this phenomenon requires a rigorous and detailed analysis to better understand its impact and evolution in the region Objectives: To genomically characterize the public MRSA sequences in Latin America in the period 2000-2024 Methods: A cross-sectional observational study was carried out. 994 MRSA sequences from 13 Latin American countries were selected from the NCBI public database. The genomes in FASTA format were subjected to quality control, bioinformatic analysis to identify SCCmec, sequence type (STs), virulence factors, genes and mutations associated with resistance. Additionally, a phylogenetic analysis was performed to determine the grouping of phylogroups. Results: The CC5-SCCmecIIa-ST105-t002-lukD/E-PV+ genotype predominated by 18% in countries such as Brazil and Chile, followed by CC30-SCCmec-IVc-t019-lukF/S-PV+ with 8.6% in Argentina. It was found that 75% of the genomes presented the genetic element EAT. Conclusions: Our study revealed the predominance of the CC5-ST105-IIa-t002 clone in Latin American countries to date.