La pandemia de COVID-19 afectó gravemente al mundo, y Perú registró la tasa de mortalidad más alta. Durante las cinco olas de infecciones en el país, la tercera ola presentó el mayor número de casos diarios, a pesar de la disponibilidad de la tercera dosis recomendada por las autoridades nacionales en ese tiempo. Esta situación se atribuyó a la baja aceptación de la vacunación y la normalización de la automedicación como respuesta al colapso del sistema de salud en las primeras olas. El presente estudio evaluó la asociación entre el número de dosis y las prácticas de automedicación con la infección por SARS-CoV-2 durante la tercera ola en trabajadores de mercados de abasto en la provincia de Huancayo, Junín. Se realizó un estudio de casos y controles en una cohorte de 254 trabajadores inscritos en un programa de promoción de la salud. Los casos (positivos) fueron emparejados con controles (negativos) según edad, sexo y mercado de origen. Se usaron modelos de regresión logística condicional para calcular Odds Ratios (OR). De esta manera, se analizaron 73 casos y 176 controles, encontrando que solo el 27,7% había recibido las tres dosis y el 87,2% practicaba la automedicación para prevenir el COVID-19. Los resultados mostraron que contar con dos dosis de vacunación aumentó las chances de infección en 2,90 veces (IC 95%: 1,29 – 6,56), mientras que contar con una dosis las aumentó en 5,75 veces (IC 95%: 1,52 – 21,68). En conclusión, el contar con menos de tres dosis estuvo asociado con una mayor chance de infección por SARS-CoV-2. Además, se observó una alta prevalencia de prácticas de automedicación y un bajo compromiso para mantener el esquema de vacunación actualizado entre los trabajadores de los mercados.The COVID-19 pandemic severely affected the world, and Peru recorded the highest mortality rate. During the five waves of infections in the country, the third wave showed the highest number of daily cases, despite the availability of the third vaccine dose recommended by national authorities at that time. This situation was attributed to low vaccine uptake and the normalization of self-medication as a response to the collapse of the healthcare system during the early waves. The present study evaluated the association between the number of vaccine doses and self-medication practices with SARS-CoV-2 infection during the third wave among workers in food markets in the province of Huancayo, Junín. A case-control study was conducted within a cohort of 254 workers enrolled in a health promotion program. Cases (positive) were matched with controls (negative) based on age, sex, and market of origin. Conditional logistic regression models were used to calculate Odds Ratios (OR). In total, 73 cases and 176 controls were analyzed, revealing that only 27.7% had received all three doses, and 87.2% practiced self-medication to prevent COVID-19. The results showed that having received two vaccine doses increased the odds of infection by 2.90 times (95% CI: 1,29–6,56), while having only one dose increased them by 5.75 times (95% CI: 1,52–21,68). In conclusion, having fewer than three doses was associated with a higher odds of SARS-CoV-2 infection. Additionally, a high prevalence of self-medication practices and a low commitment to maintaining an up-to-date vaccination schedule were observed among market workers.