El presente estudio evaluó la asociación entre la mutación D614G en el genoma del SARS-CoV-2 y la presencia de disfunciones quimiosensoriales (pérdida o alteración del gusto y/o olfato) en pacientes con COVID-19, utilizando datos del estudio madre “Caracterización molecular de SARS-CoV-2, síntomas y eventos post COVID-19 en una población de Lima durante los años 2021 y 2022”. Este proporcionó información del secuenciamiento viral y encuesta de síntomas, de las cuales se analizaron 365 datos en un estudio de diseño transversal. Las secuencias fueron procesadas con Porechop y NanoPlot, generando genomas consenso mediante el protocolo ARTIC y Medaka, usando como referencia MN908947. La población estuvo conformada por el 54.1% mujeres y 45.9% varones. De los 133 pacientes que reportaron disfunciones quimiosensoriales, el 89.5% refirió que estas tuvieron una duración menor a un mes. El análisis bivariado no encontró asociación significativa entre la mutación D614G y las disfunciones quimiosensoriales (p = 0.090). No obstante, se encontraron asociaciones significativas con la variante viral (p < 0.001), la presencia de otros síntomas respiratorios (p = 0.005) y la duración máxima de síntomas (p < 0.001). En el análisis multivariado, tampoco se encontró asociación significativa con la mutación D614G (p = 0.958). Tampoco fueron significativas las variables sexo (p = 0.187), edad (p = 0.212), otros síntomas respiratorios (p = 0.215), vacunación (p = 0.134) ni duración máxima de síntomas (p = 0.837). En cambio, se observó asociación significativa con la variante viral: los pacientes infectados con Lambda tuvieron 2.51 veces más probabilidad de presentar disfunciones quimiosensoriales respecto a Ómicron (IC 95%: 1.28-4.88; p = 0.007). Delta, Gamma y otros no fueron significativas. Los hallazgos sugieren que la aparición de disfunciones quimiosensoriales se asocia con la variante Lambda, no a la mutación D614G ni otras variables clínicas o demográficas evaluadas.This study evaluated the association between the mutation D614G of the SARS-CoV-2 genome and the presence of chemosensory dysfunctions (loss or alteration of taste and/or smell) in patients with COVID-19, using data from the parent study “Molecular characterization of SARS-CoV-2, symptoms, and post-COVID-19 events in a population from Lima during 2021 and 2022”, providing information on viral sequencing and symptom surveys, of which 365 data were analyzed in a cross-sectional study. The sequences were processed with Porechop and NanoPlot, generating consensus genomes using the ARTIC and Medaka protocol, using MN908947 as reference. The population consisted of 54.1% females and 45.9% males. Of the 133 patients who reported chemosensory dysfunctions, 89.5% reported that it lasted less than one month. Bivariate analysis showed no significant association between the mutation D614G and chemosensory dysfunctions (p = 0.090). However, statistically significant associations were found with viral variants (p < 0.001), presence of other respiratory symptoms (p = 0.005), and maximum symptom duration (p < 0.001). In the multivariate analysis, no significant association was found between the mutation D614G and the development of chemosensory dysfunctions (p = 0.958). The variables sex (p = 0.187), age (p = 0.212), other respiratory symptoms (p = 0.215), vaccination (p = 0.134), and maximum symptom duration (p = 0.837) were also not significant. In contrast, a significant association was found between the viral variant: patients infected with the Lambda were 2.51 times more likely to develop chemosensory dysfunctions than those infected with Omicron (95% CI: 1.28–4.88; p = 0.007). Delta, Gamma and other variants were not significant. The findings suggest that the occurrence of chemosensory dysfunctions in COVID-19 patients is associated with the Lambda variant, not with the mutation D614G or other clinical or demographic variables evaluated.