Introducción: La contaminación del agua es un problema frecuente en países en desarrollo, y podría estar asociado a la generación de portadores de bacterias patógenas (BP). El objetivo del estudio fue determinar la asociación entre el riesgo del agua contaminada dispuesta para consumo y el estado de portador de BP en niños menores de cinco años. Métodos: Se realizó un análisis transversal usando muestras de heces de niños, muestras de agua para beber y encuestas provenientes de 199 casas seleccionadas aleatoriamente de tres comunidades rurales de la costa sur del Perú. El riesgo del agua contaminada fue determinado de forma dicotómica usando el punto de corte sugerido por la Organización Mundial de la Salud para diferenciar el nivel muy alto de riesgo. Se estimó razones de prevalencia cruda y ajustada para el estado de portador de BP usando modelos lineales generalizados. Resultados: El 9.6% (19/199) de los niños fue portador de BP, e interesantemente todos fueron asintomáticos, no reportando diarrea en los tres días previos al enrolamiento. Se encontró 18 niños monoportadores y un niño portador de dos BP, resultando en 20 aislamientos bacterianos. Las especies de Campylobacter (10/20) y Aeromonas (9/20) fueron las más frecuentes, seguidas de un aislamiento de Shigella flexneri. El 19.1% (38/199) de las muestras de agua fueron clasificadas como de alto riesgo debido a su alta contaminación fecal (≥100 E. coli/100mL). La fuente del agua, los insumos de lavado y la frecuencia de lavado del contenedor usado para almacenar el agua de beber estuvieron asociados al estado de portador de BP (p<0.05). Ajustando por la fuente de agua y frecuencia de lavado, la prevalencia de portadores de BP que consumieron agua de muy alto riesgo fue 2.82 (IC95%: 1.21 – 6.59) veces la prevalencia de los que consumieron agua menos contaminada. El reporte de tratamiento del agua previo al consumo, por ebullición (p=0.266) o adición de cloro (p=0.704), no estuvo asociado al estado de portador. Conclusiones: El agua de alto riesgo dispuesta para consumo estuvo asociado a una mayor prevalencia de niños portadores de BP. Sugerimos el desarrollo de futuros estudios que corroboren la asociación observada con el objetivo de plantear estrategias de salud pública que eviten la generación de portadores de BP.