Los principales Terminales Pesqueros de la región Lima comercializan el langostino y camarón de río, que son consumidos en la forma semicocida o cocida, alcanzando afectar al consumidor si están contaminados con bacterias como Escherichia coli, seis son los patotipos que hacen parte del grupo diarrogénico de importancia para la salud pública siendo los más prevalentes E. coli enteropatógena (EPEC), enterotoxigénica (ETEC), enteroagregativa (EAEC) y enterohemorrágica (EHEC) o E. coli productora de toxinas shiga (STEC). Por lo tanto, el objetivo de este estudio se enfocó en caracterizar molecularmente la diversidad genética y factores de virulencia de E.coliaisladas de langostino (Litopenaus vannamei) y camarón de río (Cryphiops caementarius) procedentes de los principales terminales pesqueros de Lima. Se obtuvo 97 muestras, siendo positivas en camarón el 92% (n=50) y en langostino 31.79% (n=47). Se identificó la presencia de genes codificantes de las toxinas Stx 1 (10%, n=50) y Stx2 (2%, n=50 ) en camarón y Stx 1 (2.1%, n=47) y Stx2 (2.1%, n=47) en langostino. Mediante la técnica de REP-PCR se determinó una similaridad de 60% entre los aislados y la presencia de clones. Debido a la baja frecuencia de E. coli diarrogénicas detectada, se concluye que estas especies presentan bajo riesgo para los consumidores, entre los aislados existe elevada diversidad genética y algunos de ellos fueron clasificados como pertenecientes al patotipo STEC.