Introducción: El consumo de antimicrobianos es elevado y sigue incrementándose en diferentes países del mundo, su uso inapropiado es asociado con el incremento de la resistencia bacteriana, que es un riesgo para la salud, y dificulta la terapia de procesos infecciosos. Objetivo: Evaluar el consumo, la indicación y la prescripción de los antimicrobianos de reserva y la relación de su consumo con la resistencia bacteriana en Medicina Interna, Cirugía y Cuidados Intensivos del Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins del 2008 – 2011. Métodos: Diseño descriptivo, observacional, y retrospectivo, de utilización de antimicrobianos, y correlacional de sus consumos con la resistencia bacteriana, usando para cuantificar su uso en el hospital, la DDD/100 camas-día, el test de diferencia de probabilidades para definir la significancia estadística de resistencia bacteriana, y el coeficiente de correlación de Sperman para evaluar la relación entre consumo y resistencia. Resultados: El consumo de antimicrobianos de reserva mostró un promedio de 40.8 DDD/100 camas-día en el HNERM, Cuidados Intensivos con 69.6 DDD/100 camas día, fue el departamento con mayor consumo; se observó un incremento del uso del 31% en el hospital, 35% en Cuidados Intensivos, 6.4% en Medicina Interna y una disminución de 37.4% en Cirugía. Los antimicrobianos de mayor uso fueron las cefalosporinas con 54% y 34%, en Medicina Interna y Cirugía, y los carbapenems con 29% en Cuidados Intensivos. Las infecciones más frecuentes fueron neumonía, infecciones del tracto urinario, y sepsis y bacteriemia. Se observaron patrones diferentes de prescripción en los tres departamentos. La disminución del consumo de cefalosporinas de tercera generación y ciprofloxacina se asoció, con significancia estadística, al descenso de resistencia de E. coli y Klebsiella pneumoniae (rho=1, p<0.05), y de Pseudomonas aeruginosa a la disminución del consumo de amikacina (rho=1, p<0.05). El incremento de resistencia de Klebsiella pneumoniae y Pseudomonas aeruginosa se asoció, con significancia estadística, al incremento del consumo de piperazilina/tazobactan (rho= 1, p<0.05). Conclusiones: El estudio mostró incrementos del consumo de antimicrobianos de reserva en Cuidados Intensivos, disminución en Cirugía, diferentes patrones de prescripción en los tres departamentos, y relación con significancia estadística de la disminución del consumo con la disminución de la resistencia de algunos gérmenes; insumos que podrían ayudar a implementar políticas contributivas al uso óptimo de los antimicrobianos y a la prevención de la resistencia bacteriana.