La microbiota intestinal de las larvas de Hermetia illucens es capaz de eliminar a patógenos bacterianos encontrados en los residuos orgánicos de los cuales se alimenta; mostrando que el intestino de estas larvas es un nicho interesante para la selección de microorganismos con capacidades antimicrobianas. Poco se sabe de la micobiota intestinal de la larva de H. illucens, la cual podría participar en la eliminación de patógenos. El objetivo del presente estudio fue aislar e identificar hongos provenientes del tracto digestivo de larvas de H. illucens alimentadas con dos dietas diferentes, alimento comercial para aves (GS) y guano de gallina (GU); además se evaluó el potencial antimicrobiano (PA) de cada cepa fúngica contra Staphylococcus aureus ATCC 43300 y Salmonella Typhimurium ATCC 13311. La levadura Pichia kudriavzevii, encontrada en la micobiota intestinal de larvas alimentadas con GS, presentó la mayor actividad antimicrobiana contra S. Typhimurium ATCC 13311 (PA=1.92±0.04). Mientras que una cepa filamentosa del orden Onygenales, encontrada en la micobiota intestinal de larvas alimentadas con GU, mostró la mayor actividad antimicrobiana contra S. aureus ATCC 13311 (PA=1.42±0.03). La actividad antimicrobiana del extracto crudo de esta cepa contra S. aureus ATCC 13311 fue confirmada mediante la técnica de microdilución en caldo (IC50=1.6±0.16 mg/mL y MIC=4 mg/mL). Este estudio muestra que las larvas de H. illucens podrían seleccionar a microorganismos fúngicos con actividad antimicrobiana contra S. aureus ATCC 43300 y S. Typhimurium ATCC 13311.