La resistencia a los antimicrobianos es un fenómeno biológico ocasionado por la aparición de mutaciones espontáneas y por la aptitud de las bacterias para transferir material genético de forma horizontal, este fenómeno se ha convertido en un problema emergente y motivo de gran preocupación ya que dificulta el enfoque terapéutico de los pacientes infectados. La presente investigación tuvo como objetivo determinar molecular y fenotípicamente la resistencia antimicrobiana de E. coli aislada de agua de mar utilizada en el expendio de productos hidrobiológicos. Se realizaron muestreos semanales entre los meses de junio y julio de 2017 en los terminales pesqueros de Ancón y Chorrillos, utilizando la técnica del número más probable (NMP) para cuantificar coliformes totales y coliformes termotolerantes, posteriormente se identificaron aislados de E. coli mediante pruebas bioquímicas convencionales, a los cuales se les determinó el perfil fenotípico de resistencia a cinco antimicrobianos (ampicilina, tetraciclina, sulfatrimetropim, ácido nalidíxico y cloranfenicol) empleando la técnica de difusión en agar, finalmente se determinó por PCR la presencia de genes de resistencia (blaTEM, Sul2, catA1, tet (A) dfrA1y qnrA). Se obtuvieron 32 aislados de E. coli en cada uno de los lugares de estudio. Del terminal pesquero de Ancón el 40.6 % de estos aislados mostró resistencia a ampicilina, 31.3% a tetraciclina y ácido nalidíxico, 15.6% a sulfatrimetropim y solo 3.1% a cloranfenicol; mientras que de los aislados del terminal pesquero de Chorrillos el 46.9% fue resistente a ampicilina y tetraciclina, 40.6 % a ácido nalidíxico y oxitetraciclina, mientras que todos los aislados fueron sensibles al cloranfenicol. Por otra parte, el 15.6% y 9.4 % de los aislados provenientes de Chorrillos y el 9.4% y el 15.6% de Ancón fueron resistentes a dos y tres antimicrobianos respectivamente. La resistencia simultánea a cuatro antimicrobianos fue de 9.4% en ambos terminales pesqueros, mientras que ninguna cepa fue resistente a todas las drogas evaluadas.