Escherichia coli es una bacteria Gram negativa considerada como parte de la microbiota autóctona de animales y el hombre, sin embargo, existen algunos patotipos que causan serios problemas en la salud humana e inclusive la muerte. El presente estudio tuvo como objetivo detectar molecularmente los factores de virulencia y la diversidad genética de E. coli asociada al cultivo de Argopecten purpuratus “concha de abanico”, procedentes de las Bahías de Samanco y Tortugas en el departamento de Ancash-Perú. Esta investigación se llevó a cabo en los laboratorios de la FAVEZ de la Universidad Peruana Cayetano Heredia, Lima-Perú. La identificación de los aislados se realizó mediante pruebas bioquímicas convencionales. La detección de los genes de virulencia se hizo por PCR convencional y la evaluación de la diversidad genética mediante la técnica de RAPD- PCR. Se analizaron 89 muestras, constituido cada “muestra” por el homogenizado de las partes blandas de 3 organismos de A. purpuratus, de las cuales se obtuvo un total de 68 aislados de E. coli, 35 pertenecientes a la Bahía de Samanco y 33 a la Bahía de Tortugas. La frecuencia estimada fue de 68.6 % en la Bahía de Samanco y 86.8 % en la Bahía de Tortugas encontrándose diferencias significativas entre estas según la prueba estadística del Chi-Cuadrado. Entre los aislados se detectó la presencia de los genes Stx1 y Stx2, ambos en dos cepas de la Bahía de Samanco, y Stx1 y eae en dos cepas proveniente de la Bahía de Tortugas, en muestras independientes. Se construyó un dendograma basado en el RAPD-PCR utilizando el programa NTSYS 2, el cual clasificó las cepas en diecinueve grupos, con un porcentaje de similitud de 85%, mostrando una alta diversidad genética de E. coli entre las muestras de las bahías, e incluso entre muestras provenientes de un mismo lugar. Los resultados de este estudio representan una base técnica y científica para la adopción de medidas de prevención ante el consumo de este molusco y con ello mitigar los problemas de infección causados por las formas patógenas de esta bacteria.