La resistencia bacteriana es un fenómeno biológico natural donde el uso del antibiótico obliga al microorganismo a adaptarse al fármaco por presión selectiva o morir, de allí que el uso indiscriminado de antibióticos con fines profilácticos o como tratamiento conlleva a posibles riesgos de proliferación de cepas resistentes a otros animales, tanto domésticos como de fauna silvestre. El presente estudio tuvo como objetivo el aislamiento de cepas de Escherichia coli y Klebsiella pneumonae productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE) y de Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (MRSA) en murciélagos hematófagos y animales domésticos de crianza extensiva en cinco provincias de la región de Lima. Se tomaron muestras fecales y nasales a 218 murciélagos hematófagos (Desmodus rotundus) y a 134 animales de crianza (Bovino, caprinos y porcinos). Las cuales fueron cultivadas directamente en dos agares cromogénicos: Hicrome® ESBL agar base, obteniéndose crecimiento bacteriano en (130/352) ejemplares de ganado y murciélagos: y (9/352) en Hicrome® MeReSa agar base para ambas especies estudiadas. La identificación de los aislados se hizo mediante la técnica de Maldi Tof (desorción/ionización mediante láser asistida por matriz), donde se tipificó al 87.7% (114/130) como E. coli, 3% (4/130) como Klebsiela pneumoniae y ninguna (0/9) como Staphylococcus spp. Posteriormente, la producción de betalactamasas de espectro extendido se confirmó por la prueba de sinergia del doble disco, donde el 5.5% de las muestras de murciélagos y el 79% de ganado fueron E. coli y K. Pneumoniae productoras de BLEE. Por último, se identificaron los genes de resistencia β-lactámicos (bla), por medio del análisis molecular PCR multiplex, expresándose así los genes bla CTX-M-gr1, blaCTX-M-gr9, blaOXA-like y blaTEM para ambos especies.