El propósito de la presente investigación fue determinar el efecto del enfoque Interdisciplinar en la competencia indagación científica en los estudiantes de segundo grado de secundaria de la I.E “Veritatis Splendor” del distrito de San Antonio de Chaclla, provincia de Huarochirí, durante el año 2015. La muestra de tipo no probabilístico estuvo compuesta por 40 estudiantes. La metodología de investigación que se aplicó es de tipo aplicativo cuyo diseño utilizado fue cuasi experimental con un solo grupo y se empleó la prueba de rendimiento “Interdisciplinariedad en la Indagación Científica” elaborada por la investigadora para comparar los resultados entre el pretest y postest. Para la validez de los instrumentos, se utilizó el juicio de expertos teniendo en cuenta la validez del contenido y para la confiabilidad del instrumento se utilizó la prueba estadística de fiabilidad KR – 20, obteniéndose una fiabilidad de 0,791 para la variable. Se concluye que el enfoque interdisciplinar logra tener un efecto significativo en la competencia indagación científica obteniéndose un coeficiente de Z= -5,213 y un valor de P= ,000 llegando alcanzar una mejora para la variable dependiente. También hubo mejoras significativas en las 7 dimensiones que comprende la variable dependiente competencia indagación científica.