La leishmaniasis cutánea (LC) es una enfermedad de la piel causada por el parásito protozoario Leishmania. Pocos estudios han evaluado la influencia del sitio de toma de muestra dentro de la úlcera cutánea y el método de muestreo en la sensibilidad de las técnicas de diagnóstico parasitológico y molecular de LC. La sensibilidad de la técnica puede ser dependiente de la carga parasitaria y la distribución de amastigotes de Leishmania en la lesión. En el presente estudio se aplicó un ensayo de PCR cuantitativo en tiempo real (qPCR) para la detección y cuantificación del ADN minicírculo del kinetoplasto (ADNk) de Leishmania (Viannia) en muestras de biopsia y raspado obtenidas de 3 zonas dentro de cada ulcera (borde, base y centro), así como en muestras de cepillado (cepillo de citología) tomadas a partir de la base y centro de la úlcera. Se evaluó un total de 248 muestras de lesiones de 31 pacientes con LC confirmada por pruebas de laboratorio, con tiempo de evolución reciente CS 3 meses). Con el qPCR- ADNk se detectó ADN de Leishmania en el 97.6% (242/248) de las muestras examinadas. La mediana de la carga parasitaria (CP) fue significativamente mayor en el centro y base de la úlcera que en el borde de la úlcera tanto en biopsias (P<O.OOO1) como en raspados (P=O.0002). No hubo diferencia significativa en la CP entre la base y el centro de la úlcera: biopsias (P=O.80), raspados (P=0.43) y cepillados (P=O.07). La CP vario significativamente según el método de muestreo: en la base y centro de la úlcera, el orden descendiente de los niveles de CP en las muestras fue: cepillados, raspados y biopsias (P<O.OOO1); en el borde de la úlcera, los raspados tuvieron una mayor CP que las biopsias (P<O.0001). No hubo diferencia en la CP según la especie de parásito encontrada en las lesiones, i.e. L. braziliensis y L. peruviana (P=O.4).