Flavobacterium psychrophilum es el agente etiológico de la enfermedad bacteriana del agua fría (BCWD), una enfermedad que a nivel mundial ha causado grandes impactos económicos en la acuicultura de salmónidos. Sin embargo, es importante estudiar un poco más fondo cómo se regula el sistema inmunológico durante un proceso de flavobacteriosis. En el presente estudio, hemos analizado la transcripción de algunos genes inmunes relacionados con la actividad de las células T y B en la piel de la trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) infectada naturalmente con F. psychrophilum en una jaula flotante ubicada en el Puno (Perú). La comparación de los niveles de expresión de estos genes fueron entre truchas arcoíris infectadas o sintomáticas y truchas asintomáticas. Para el caso de peces sintomáticos, se tomaron dos muestras de piel, una muestra cercana a las lesiones ulcerativas, asi como una muestra de piel distante de la úlcera, una región sin lesión. Nuestros resultados apuntan a una importante regulación local de IgD, CD4, CD8, perforina e IFNγ dentro de las lesiones ulcerativas. Por otro lado, en el bazo, no se observó diferencias significativas entre los niveles de expresión de estos genes. Para confirmar estos resultados de transcripción, se estudió la distribución de las moléculas IgD y CD3 presentes en las células con técnicas inmunohistoquímicas en las regiones de piel muy cercanas a las úlceras. Nuestros resultados demuestran un rol importante de las células T e IgD en piel frente a F. psychrophilum en la trucha arcoíris.