La transmisión congénita es una de las vías importantes para la infección con el protozoario Trypanosoma cruzi. En Bolivia la proporción de casos de transmisión congénita es de 6.5-11.7%, desconociéndose los factores involucrados en este tipo de transmisión. La severidad de la enfermedad de Chagas está asociada a los linajes descritos en T. cruzi, los cuales también podrían estar asociados a la trasmisión congénita. El objetivo del presente trabajo fue identificar los linajes de T. cruzi presentes en recién nacidos y en madres transmisoras y no transmisoras de la enfermedad de Chagas de Santa Cruz-Bolivia. La presencia y cuantificación de T. cruzi en sangre y tejido de cordón umbilical se determinó mediante qPCR. Las muestras de recién nacidos fueron genotipificadas mediante PCR-RFLP, mientras que las muestras de madres fueron serotipificadas mediante la técnica ELISA. El tejido de cordón umbilical presentó mayor carga parasitaria (5.0x108 pareq/mg), en comparación a la sangre del cordón umbilical (8.5x105 par-eq/ml); por otro lado, la carga parasitaria de la madre (1.8x103 par-eq/ml) fue menor que la carga parasitaria de su recién nacido. El DTU TcV fue el único detectado en todos los recién nacidos transmitidos congénitamente. El análisis serológico mostró que el 50% de madres transmisoras y el 38.2% madres no transmisoras reconocieron al epítopo TSSA común a los linajes TcII/TcV/TcVI (TSSApep-II/V/VI).