La obesidad en niños y adolescentes es frecuente a nivel mundial. En Holanda, en el año 2012, se determinó que los niños con Síndrome de Down (SD) tenían una frecuencia de sobrepeso y obesidad que duplicaba a sus pares sin SD; sin embargo, en el Perú, se desconoce tal frecuencia. Objetivo: Describir la frecuencia de sobrepeso y obesidad en escolares de Lima Este con Síndrome de Down y determinar exploratoriamente su asociación con factores ambientales y comorbilidades. Materiales y métodos: Se llevó a cabo un estudio de tipo casos y controles anidado a una cohorte. Se realizaron las mediciones de talla y peso de 129 escolares con SD entre 2 y 20 años, asistentes a siete colegios especiales de Lima Este y se determinó la asociación entre sobrepeso y obesidad con estilos de vida, nutrición y comorbilidades. Resultados: La frecuencia de sobrepeso y obesidad fue 52,71%; 57,36 % de los participantes eran varones y el grupo etáreo con mayor frecuencia de sobrepeso y obesidad fue el de los participantes entre 5 y 9.9 años. En los factores explorados y comorbilidades, el sedentarismo (58,82%) y estreñimiento (27,94%) fueron los más frecuentemente reportados. Se encontró asociación entre los niños con sobrepeso y obesidad y el sedentarismo (OR = 2.73 (IC 1,06-7,00), p= 0,037) e hipotiroidismo (OR= 11,57 (IC 1,08-150,2) p= 0.042). Conclusiones: Se encontró una elevada frecuencia de sobrepeso y obesidad en los niños y adolescentes con SD. El sedentarismo e hipotiroidismo fueron variables que en el presente estudio, se encuentran asociadas al sobrepeso y obesidad.