La tilapia (Oreochromis niloticus) es una de los peces de mayor consumo en todo el mundo, ya que es una fuente de proteínas, micronutrientes y de fácil cultivo. En el presente estudio se investigó la presencia de dos enfermedades causantes de alta mortalidad en esta especie, la enfermedad del Virus de la tilapia del lago y Encefalopatía y retinopatía viral. Se muestrearon un total de 46 tilapias provenientes de 4 granjas de la localidades de Morales, Rumisapa, Las Palmas y Bello horizonte, pertenecientes al departamento de San Martín, región que presenta la mayor concentración de crianza de tilapia en nuestro país. El muestreo fue realizado en el mes de Febrero del 2018. Se extrajo órganos dianas como ojos, hígado y cerebro. Del total de muestras, 27 fueron usadas para la detección de estas enfermedades mediante el método semi-nested RT-PCR y 19 para el examen histopatológico. Se obtuvieron 4 muestras positivas a Virus de la tilapia del lago y todas las muestras fueron negativas para Encefalopatía y retinopatía viral. Posteriormente, se realizó el análisis molecular por secuenciamiento y filogenético de una muestra representativa a TiLV, el cual reveló que la cepa aislada es similar a la cepa Israelí. Los resultados ayudarán a realizar programas de prevención y control en el país, evitando así la propagación de las enfermedades mencionadas anteriormente.