El Perú es considerado como el principal productor y exportador de harina de pescado a nivel mundial. La anchoveta (Engraulins ringens), es la única especie permitida para su elaboración según la legislación peruana. Sin embargo, esta normativa no siempre es respetada, pues durante su elaboración se incluyen otras especies acuáticas destinadas para consumo humano directo e incluso terrestres que afectan la calidad de la misma. Es por ello, que este proyecto tiene como objetivo, evidenciar la posible contaminación de la harina de pescado comercial con especies acuáticas como: bonito (Sarda chiliensis), caballa (Scomber japonicus), jurel (Trachurus picturatus), merluza (Merluccius gayi); y especies terrestres como: ave (Gallus gallus domesticus) y bovino (Bos taurus). Las muestras fueron adquiridas de pequeñas empresas que comercializaban alimentos balanceados localizados en los distritos de Lurín, Huacho (Lima) y Chimbote (Ancash) y fueron analizadas en el laboratorio de biología molecular de la Universidad Peruana Cayetano Heredia (FAVEZ). Para el análisis de las muestras se utilizó el protocolo de qPCR establecido por Huamacha (2017) y validado por De La Cruz (2017) realizando modificaciones en la concentración de primers para mejorar la detección de ADN. Todas las harinas comerciales mostraron como principales indicadores de contaminación a todas las especies acuáticas consideradas en este estudio y sólo a la proteína aviar como indicador de contaminación terrestre. Finalmente, se confirma la hipótesis sobre la presencia de otras especies ajenas a la anchoveta como parte de la composición de la harina de pescado comercial, siendo información relevante para las autoridades competentes.