Introducción: Las regulaciones internacionales sobre protección de seres humanos en la investigación reconocen que se puede compensar al participante por tiempo invertido, inconvenientes o ingresos no percibidos. Sin embargo, existe poca evidencia empírica sobre las percepciones sobre la definición de compensación en investigadores y miembros de comités de ética de investigación (CEIs) en Sud América. Objetivo: Describir y comparar las percepciones sobre la definición de compensación a participantes en investigación entre investigadores y miembros de CEIs. Materiales y métodos: Estudio transversal, analítico de fuente secundaria de 101 investigadores y 65 miembros de CEIs de 14 centros de investigación en Perú y Argentina. Los participantes llenaron un cuestionario auto-aplicado. Resultados: Los investigadores y miembros de CEIs concuerdan que es adecuado ofrecer compensación en la investigación (81 vs 79%, p=0.448). Ambos perciben la definición de compensación mayoritariamente como reembolso, y en menor frecuencia la definen correctamente como pago por ingresos no percibidos. Los miembros de CEIs definen con mayor frecuencia a la compensación como el pago por salario no percibido comparado con los investigadores (37 vs 21%, p=0.007). Conclusiones: La compensación a participantes en investigación es aceptable para investigadores y miembros de CEIs en dos países sudamericanos. Sin embargo ambos grupos confunden la definición de compensación con reembolso e incentivo. Observamos coincidencias sobre la utilidad de compensar y sus posibles riesgos.