La Encuesta Demográfica de Salud Familiar (ENDES) es una encuesta nacional de base poblacional con representatividad a nivel departamental y área de residencia, constituyéndose en una fuente de información del estado de salud de la población peruana. Con el objetivo de estandarizar su procesamiento y posterior reutilización por parte de la comunidad académica y otros actores interesados; documentamos el código para la manipulación, análisis y visualización de datos del cuestionario de salud de la ENDES 2017, mediante un ejemplo sobre prevalencia de hipertensión arterial y obesidad, utilizando el entorno y lenguaje de programación estadístico R. Se presenta y detalla secuencialmente el código en R, así como, el sustento teórico de la estructura de la encuesta para la manipulación de las bases de datos, considerando que la compleja estructura de la ENDES podría ser una potencial barrera que enfrentan los investigadores. Finalmente, este ejemplo puede servir de base para que se generen mayores estudios basados en la ENDES que sean relevantes para la toma de decisiones en salud pública.