Aplicamos la teoría del Balance Energético Dinámico (DEB) a dos especies de pequeños pelágicos: la anchoveta (Engraulis ringens) y la sardina (Sardinops sagax) del Sistema Norte de la Corriente de Humboldt (NHCS) frente a Perú. El modelo DEB fue forzado por factores ambientales obtenidos de la Clorofila-a Superficial del Mar a partir del satélite MODIS y la Temperatura Superficial del Mar del modelo NOAA-NCDC en el periodo 2003-2014. Se extendió el modelo DEB estándar para comparar la respuesta bioenergética de la anchoveta y la sardina a variaciones ambientales estacionales. Se encontró que: (i) el alimento fue directamente restrictivo sobre la longitud asintótica en ambas especies, mientras que la temperatura afectó la velocidad de los procesos y tasas metabólicas; (ii) las larvas de sardina sobrevivieron más tiempo en condiciones de inanición respecto de las larvas de anchoveta; la temporada de desove influyó de manera directa y significativa (p<0.05) sobre (iii) la longitud y reserva energética en anchovetas y sardinas de un año de edad y sobre (iv) la edad a la metamorfosis en ambas especies. Se observó además que las larvas de anchoveta alcanzaron la metamorfosis en un tiempo menor respecto de las larvas de sardina (p<0.05) en la temporada de desove de invierno-primavera. Se sugiere que el modelo debe ser acoplado con modelos de transportes de larvas para predecir la supervivencia de larvas.