Introducción. La producción científica del Perú es baja en relación a otros países; se desconoce el impacto de la inversión en dicha producción a nivel nacional. Objetivo. Evaluar la asociación entre el gasto e inversión en investigación y la producción científica en temas de salud en universidades peruanas durante el año 2015. Métodos. Estudio observacional de análisis de fuentes secundarias del I Censo Nacional de Investigación y Desarrollo a Centros de Investigación del Consejo Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación Tecnológica (Concytec), de donde se seleccionó a las universidades peruanas y las publicaciones en el área de ciencias de la salud. Se evaluó la incidencia de riesgo relativo (IRR) crudo y ajustado para determinar el grado de asociación. Resultados. Existe una asociación significativa entre la producción científica y la remuneración a los docentes investigadores (IRR: 0,998; p<0,01), remuneración al personal de apoyo (IRR: 1,023; p<0,01), honorarios a consultores externos (IRR: 0,991; p<0,05), compra de otros servicios (IRR: 1,003; p<0,01) y la inversión en edificios (IRR: 0,998; p<0,01). Conclusiones. La remuneración a docentes investigadores, al personal de apoyo, a consultores externos, compra de otros servicios e inversión en edificios, se asocia a la mayor producción científica en temas de salud en las universidades peruanas.