La enfermedad entérica de la boca roja o Yersiniosis, causada por la bacteria Yersinia ruckeri, es considerada una amenaza importante para la salud de poblaciones de salmónidos de cultivo en todo el mundo. En el Perú, Y. ruckeri genera pérdidas económicas en la industria de cultivo de truchas arcoíris. Para estudiar la respuesta inmunológica frente a esta infección bacteriana, se evaluó la expresión cuantitativa relativa de genes que codifican las citoquinas proinflamatorias IL-1β, TNF-α e IL-6 en bazo, riñón anterior y piel de truchas infectadas y controles. Se recolectaron 32 truchas de cultivo de piscigranjas de la Sierra Central del Perú, que mostraron signos clínicos de la enfermedad. La identidad específica de la bacteria, aislada de bazo y riñón anterior, fue confirmada por técnicas microbiológicas y reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Adicionalmente, 35 truchas de las mismas poblaciones donde ocurrieron los brotes de enfermedad, que no mostraron signos clínicos, fueron recolectadas como controles. La expresión relativa de los tres genes de citoquinas, determinada por qRT-PCR en tiempo real, mostró incremento altamente significativo en bazo, riñón anterior y piel de peces infectados por Y. ruckeri. La mayor expresión fue observada en bazo, sobre todo para los genes que codifican IL-1β e IL6, que se expresaron 264 y 318 veces más respectivamente con relación a los controles y a la expresión del factor de elongación 1 alfa (EF1α). Estos resultados muestran una respuesta inmune activa local y sistémica frente a la infección bacteriana estudiada. Este tipo de estudios facilitará el desarrollo de mejores regímenes de tratamiento y vacunación en la acuicultura, al enriquecer nuestra comprensión sobre la inmunología de peces.