Células madre espermatogoniales (SSC) de alpacas adultas fueron identificadas con marcadores moleculares (Zbtb16, Integrina β1) y mediante citometría de flujo (CF) bajo la intensidad de Dolichos biflorus como sDBA+ (SSC). Se congelaron fragmentos testiculares y suspensiones de células espermatogoniales en 18 medios conteniendo ACPs permeables (DMSO y DMA), ACPs no permeables (Trehalosa, Glucosa y Sucrosa), suplementados con Maca roja y negra. Se congelaron 44 muestras (fragmentos) y 32 (Células aisladas) mediante protocolos de congelamiento I y II respectivamente. Al comparar la viabilidad entre fragmentos y células postdescongelamiento, en muestras Buenas, con azul de Tripán se observó 75,81±3,25% de viabilidad en fragmentos vs 54,67%±4,07 en células aisladas en el medio MSA (p<0,05). Asimismo el porcentaje más alto observado en células aisladas fue de 57,24±4,11% vs 73,87±3,55% en fragmentos (p<0,05). En muestras Buenas mediante CF se observó que 13,52±1,27% de sDBA+ (fragmentos) y 5,07±1,87%(células en suspensión) en el medio MTO y 9,67±2,22% (Fragmentos) y 2,73±2,02% (Células aisladas) en el medio (p<0,05). Los potenciales de membrana mitocondrial (sMitosense+) postdescongelamiento más altos fueron 57,20±9,57% (fragmentos) y 63,68±8,90% (Células aisladas) en los medios MTON y MSON respectivamente (p˃0,05). En muestras regulares se observa que el 34,4% de células son sMitosense+ en el medio MSON postdescongelamiento y en muestras buenas existe diferencia significativa en BsMitosense+ entre el medio MFOR vs MFO y MFON vs MFO (p<0,05). Asimismo, las células congeladas en el medio MSON fueron capaces de proliferar y diferenciarse In vitro postdescongelamiento. Se concluye que es posible identificar la presencia de SSC en alpacas adultas usando marcadores moleculares como β integrina y ZBTB16 mediante qPCR y con DBA mediante CF. Durante la criopreservación se observó que la Maca negra conserva la viabilidad y la actividad mitocondrial en las SSC de alpacas adultas congeladas en forma de fragmentos testiculares y en células aisladas.