Uno de los patógenos que atenta contra la productividad del cultivo de papa y, por ende, a la seguridad alimentaria de la población es el nematodo fitoparásito Globodera pallida, conocido como el “nematodo del quiste de la papa”. La búsqueda de variedades de papa con genes de resistencia a este nematodo es una alternativa de control para el manejo de esta enfermedad. En la presente investigación se realizaron pruebas de infección, inoculando estadíos juveniles 2 (J2) de G. pallida en raíces de plantas de las variedades María Huanca y Chimbina Colorada, proporcionadas por el Centro Internacional de la Papa (CIP), catalogadas como resistente y susceptible al nematodo, respectivamente. Se evaluaron raíces infectadas a las 24 y 72 horas post - inoculación (pi), mediante la cuantificación bajo microscopio de J2 que ingresaron a la raíz. Además, se realizaron extracciones de ARN de las raíces infectadas que fueron punto de partida para el proceso de secuenciamiento por RNA-Seq. Los datos provenientes de la secuenciación se analizaron mediante programas bioinformáticos, identificando y cuantificando transcritos relacionados a la defensa, basado en los perfiles de expresión génica durante la interacción planta – nemátodo. Se identificaron 100 genes regulados diferencialmente en respuesta la infección por G. pallida que se expresaron de manera opuesta entre las variedades María Huanca y Chimbina Colorada. Se concluye que la variedad resistente María Huanca expresa genes que ejercen resistencia al estadío juvenil infectivo (J2) del nematodo corroborada por los cambios de la expresión de dichos genes, y las diferencias significativas en la cantidad de J2 encontradas en raíces de las variedades de papa evaluadas.