Objectives. To determine the ratio of microcephaly in newborns in level II and III health facilities of the Ministry of Health (MINSA) of Peru for the period 2005-2013. Materials and Methods. A secondary analysis of the databases of the Perinatal Information System was carried out during 2005-2013. Microcephaly was identified applying World Health Organization (WHO), Fenton, mixed (WHO-Fenton), and proportionality criteria. The ratios and indices of microcephaly were estimated per 10,000 live births (LB) by region and concordance was compared, using the WHO parameter as a reference. Results. The ratio of microcephaly during 2005 to 2013 was 3.4%, the average rate of microcephaly was 335 per 10,000 LBs according to the WHO criterion. The mixed parameter showed a substantial concordance (Kappa of 0.635), while the proportionality parameter showed a reasonable concordance (Kappa of 0.298). Conclusions. The ratio of microcephaly in MINSA Level II and III health facilities was higher than that reported in other countries in the region before the appearance of Zika in the Americas. The frequency variations observed with those of other countries and among Peruvian regions could be explained by different factors, such as the technique for measuring head circumference, data capture, constitutional factors, and social determinants. We suggest standardizing measurements and their recording, harmonizing diagnostic criteria, and establishing health strategies to strengthen the epidemiological surveillance of the causes of microcephaly.Objetivos. Determinar la proporción de microcefalia en recién nacidos en establecimientos de salud (EESS) de nivel II y III del Ministerio de Salud (MINSA) de Perú durante el periodo 2005-2013. Materiales y métodos. Se realizó un análisis secundario de las bases de datos del Sistema Informático Perinatal durante 2005-2013. La identificación de microcefalia se realizó aplicando los criterios de la Organización Mundial de la Salud (OMS), de Fenton, mixto (OMS-Fenton) y de proporcionalidad. Se estimaron las proporciones y tasas de microcefalia por 10 000 nacidos vivos (NV) por regiones y se comparó la concordancia, considerando al parámetro de OMS como referencia. Resultados. La proporción de microcefalia durante el 2005 a 2013 fue de 3,4%, la tasa promedio de microcefalia fue de 335 por 10 000 NV según el criterio de OMS. El parámetro mixto mostró una concordancia sustancial (Kappa de 0,635), mientras que el de proporcionalidad mostró una concordancia razonable (Kappa de 0,298). Conclusiones. La proporción de microcefalia en EESS de nivel II y III del MINSA fue mayor a lo reportado en otros países de la región antes de la aparición del Zika en las Américas. Las variaciones de las frecuencias observadas con las de otros países y entre las regiones peruanas, se podrían explicar por diferentes factores, como la técnica de medición del perímetro cefálico, captura de datos, factores constitucionales y determinantes sociales. Sugerimos estandarizar las mediciones y su registro, uniformizar los criterios de diagnóstico y establecer las estrategias sanitarias para fortalecer la vigilancia epidemiológica de las causas de la microcefalia.