Los anisákidos son parásitos cosmopolitas de los sistemas acuáticos, reconocidos por su implicancia en la salud pública y la calidad alimentaria. En el Perú se ha evidenciado en los recientes años una preocupación por las posibles consecuencias de este parásito. Sin embargo, su estudio está delimitado a su descripción morfológica. El presente estudio identificó a nivel molecular las principales especies de anisákidos presentes en peces de interés comercial (Trachurus murphyi, Scomber japonicus y Sarda chiliensis) en la costa del Perú y sus patrones de distribución. Un total de 258 especímenes fueron muestreados en las provincias de Lima y Piura; se amplificó y secuenció dos marcadores moleculares, el gen mitocondrial ciclooxigenasa-2 (cox2) y el gen nuclear factor de elongación alfa (EF1 α−1), asimismo se examinó las relaciones filogenéticas usando tres métodos de inferencia (Máxima parsimonia, Máxima verosimilitud e Inferencia bayesiana). 94.9% del total de parásitos analizados pertenecieron a Anisakis pegreffii mientras que el 5.1% perteneció a Anisakis physeteris, en el caso del A. pegreffi todas las secuencias fueron homocigóticas; el análisis filogenético demostró gran robustez de nuestras secuencias con su respectivo clado. Queda demostrada la presencia de la especie zoonótica, Anisakis pegreffii, en algunos peces de interés comercial en el mar peruano.