La kañiwa (Chenopodium pallidicaule Aellen, Chenopodiaceae), un pseudocereal que crece en los altiplanos de Perú y Bolivia, cuenta con una gran biodiversidad. Gran parte de sus variedades han sido caracterizadas por medio de herramientas taxonómicas y/o agronómicas; sin embargo, aún no existe una herramienta definitiva para su diferenciación debido a las similitudes que pueden haber entre distintas variedades. En la actualidad, las investigaciones en base a las “ómicas” han influenciado de forma importante en la compresión de diversos sistemas biológicos. La metabolómica, una de las “ómicas”, se caracteriza por ser la más cercana al fenotipo. El presente trabajo de investigación tuvo como objetivo emplear la metabolómica no dirigida (“non targeted”) como herramienta para la discriminación de dos variedades de kañiwa (plomo clara “Chilliwa” y roja “Ramis”). Ambas variedades fueron sometidas a un proceso de extracción, luego se analizaron por medio de UHPLC-HRMS y la información obtenida fue evaluada con los programas MS-DIAL, MS-FINDER, SIMCA para determinar las diferencias entre los perfiles metabolómicos. Se logró identificar nueve biomarcadores potenciales para la kañiwa plomo clara “Chilliwa”: Crustecdisona, ácido vernólico, makisterona B, ácido pinélico, 2',6,7-trihidroxiisoflavona, ácido floionólico, oxipurinol, xantosina, genkwadaphnin-20-palmitato. En el caso de la kañiwa roja “Ramis”, los diez biomarcadores potenciales encontrados fueron: N-acetiltriptófano, delfinidina-o-(6''-O-alfa-ramnopiranosil-beta-glucopiranosida), 2',5'-dihidroxiflavona 5'-acetato, n-trans-sinapoiltiramina, isoramnetina-3-glucósido, gluconato, ácido L-N-(1H-Indol-3il acetil) aspártico, annularin H, kaempferol 4'-metil éter 3-(2Glc- glucosilrutinosida), isoramnetina-3-O-rutinosida. El uso de la metabolómica no dirigida permitió postular biomarcadores potenciales para la diferenciación entre 2 variedades de kañiwa.