La harina de pescado es un producto comercial importante ya que se incluye en la alimentación de ganado y aves de corral debido a que presenta una alta cantidad de proteínas. Se obtiene mediante el procesamiento de los huesos y pescado entero, eliminando así la mayor parte de agua. Pero a menudo el proceso no es respetado, debido a que en la preparación se agregan insumos no permitidos mundialmente como harinas de animales terrestres como aves, bovinos, ovinos entre otros y otros prohibidos por la legislación peruana que están destinados para el consumo humano directo (decreto supremo N° 015 2007 PRODUCE en su artículo 134 numeral 81); según normativa peruana el único insumo que debe ser usado para la preparación de harina de pescado es la anchoveta. Por lo tanto, el propósito de este trabajo es la detección y caracterización molecular de especies acuáticas pelágicas y costeras, como bonito (Sarda chiliensis), caballa (Scomber japonicas), jurel (Trachurus picturatus), ayanque (Cynoscion analis), merluza (Merluccius gayi) y terrestres como ave (Gallus gallus domesticus) y bovino (Bos Taurus) para el desarrollo de protocolos moleculares, que permitan identificar estas especies como principales indicadores de contaminación o adulteración en la harina de pescado, estos protocolos fueron estandarizados y validados. La metodología usada fue en base a qPCR SYBR green I, el cual nos permite detectar ADN bicatenario en tiempo real, proporcionando resultados cuantitativos de cada especie en estudio. La técnica desarrollada presento 100% de sensibilidad, especificidad y precisión para la detección de especies contaminantes en harina de pescado con límites de detección de 0.000141 ng μl-1 hasta 0.0282 ng μl-1 y obteniendo eficiencias de amplificación entre 90 y 100%, siendo de gran ayuda ya que es un método de detección rápida y específica, capaz de certificar la pureza del producto pudiendo ser aplicado por las entidades reguladoras competentes, así como por las empresas implicadas en la exportación y mercado interno del producto.